28 november 2016 - Afgelopen zaterdag berichtte RTL Nieuws op zijn website dat Instituut Clingendael in het kader van het Oekraïnereferendum teveel subsidie zou hebben ontvangen van de Referendumcommissie. Deze onjuiste berichtgeving is inmiddels door RTL gerectificeerd. Zie de website van RTL Nieuws.

De Referendumcommissie heeft in het voorjaar 2016 vastgesteld dat Instituut Clingendael 48.143 euro mocht besteden aan het stimuleren van het publieke debat in Nederland over het EU- Oekraïne associatieverdrag. Omdat minder kosten zijn gemaakt, is na afloop van het project 39.191,69 euro gedeclareerd. Dit bedrag heeft de Referendumcommissie op 24 juni 2016 volledig toegekend aan het Instituut.